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审查声明图与对齐序列编辑

检查已展开URDF的链接声明、裁剪用户声明为有根的Newick树、删除对齐FASTA整列，并用完整来源映射核对结果与明确边界。

更新于 约 9 分钟阅读

先选择原件对应的任务

三个工具都处理一份完整本地原件。URDF检查声明的父子链接图；Newick按明确物种列表裁剪用户声明为有根的树；对齐FASTA给每一行应用同一个整列掩码。普通文本格式化无法建立这些关系。

选择UTF-8本地文件或粘贴完整文本，成功后把原件和所有下载文件一起保留。处理时输入与报告存于浏览器内存；不会读取网格、包路径或URL，也不会执行文件内容。

输入与完整交付
任务输入及明确选择完整下载
URDF已经展开的XML，不执行xacro含原件的report.json和安全report.csv
Newick有根树及保留/删除物种JSON数组含原件的report.json、安全report.csv、pruned.nwk
对齐FASTA等宽序列、缺失字符集与整列规则含原件的report.json、安全report.csv、trimmed.fa

URDF：同时检查连通分量与环，不能只数候选根

示例含孤立world链接和另一个三链接环：4个链接、3个关节、1个候选根、1个环分量、2个弱连通分量。只有一个根并不表示整图是树。报告保留所有声明、已解析或未解析的引用、每个分量以及精确UTF-8原文跨度。

名称重复、父子声明缺失或重复会原子失败。未声明目标、多入边、自环与环则生成完整诊断，validDeclaredTree=false。只有整个声明图确为树时才提供树深度。

visual、collision、惯性、动力学、mimic、关节类型、网格、模型版本和未知XML均未审查。预定义与数字XML字符引用作为静态数据读取；DTD/实体声明、处理指令、带命名空间的元素以及xacro/替换名称明确不支持。本报告不能证明完整URDF模式、物理正确性或仿真安全。

Newick：保留原根与未知枝长

先明确声明输入有根，再提交字面物种名的JSON数组。保留模式保留所列叶，删除模式删除所列叶。重复请求与未匹配名称仍写入报告。下划线是字面字符，带引号名称支持双单引号转义，存活的内部标签和注释保留。

对((A:0.1,B:0.2):0.3,C:0.4):0.7;删除B、C，结果是(A:0.4):0.7;。非根单子节点的已知枝长按精确十进制相加0.1+0.3=0.4，原根及其0.7根边仍保留。若A枝长缺失，单子节点保留，未知值不能当零相加。带标签或注释的单子节点也保留。

这不是最近共同祖先提取、重新定根或最少节点搜索。原节点、保留/删除状态和收缩记录完整可读。匿名叶及不支持的根/格式指令明确拒绝为不支持。删除全部叶会报错，应至少保留一个原叶后重跑。

对齐FASTA：给所有行同一个完整列映射

阈值90%时，10行中9个缺失单元的列删除，8个的列保留。判断使用含等号的整数交叉乘。任意模式删除含任一所选缺失符号的列，0%会删除全部列。N、X只有在用户明确加入缺失集后才计数。

原序列必须等宽。完整UTF-8表头与重复ID按行索引独立保留；残基支持ASCII字母与*?.-。原报告及字节跨度保留UTF-8 BOM、LF、CRLF。单独CR或不支持的残基会整批拒绝。

完整missingCounts、原列到新列的columnMap和每一行投影结果一起交付。零列结果合法，输出表头和空序列；下载FASTA使用LF。本工具编辑现有对齐，不做序列对齐，也不证明生物学上最优的过滤。原需求的220MB数据超过10MiB预算。

交付前同时检查所有预算

所有限制同时生效。允许的输入仍可能超过完整下载总预算，此时不返回部分报告。大结果的文本/复制是预览，不能替代完整下载。report.json中的sourceText重新编码后等于原UTF-8字节，有BOM时一并保留。

当前声明预算
任务主输入与结构完整下载总计
URDF5MiB；10000链接；10000关节；XML深度64JSON+CSV共20MiB
Newick5MiB树+1MiB物种JSON；50000节点；10000内部层级；10000请求；标签/数值4096 UTF-16单位；指数绝对值≤100JSON+CSV+Newick共20MiB
对齐FASTA10MiB；10000行；100000列；800万单元；表头65536 UTF-16单位；200000物理序列片段JSON+CSV+FASTA共40MiB
  • 表格最多预览200行，单元格显示前2000 UTF-16单位及省略号。
  • 超过20000 UTF-16单位时文本/复制为紧凑预览，并显示fullReportInDownload:true；完整记录从所有下载文件读取。
  • 默认安全CSV给疑似公式文本加保护前缀，比较精确原值时使用JSON。
  • 处理中取消后可用完整原件重跑；不支持的导出应在生产工具修正，不能丢掉证据强行成功。

核对接收方是否读对了结果

URDF应按原文字节跨度回查问题，并同时看孤立根与环分量。Newick应比较原根路径、已知距离、未知标志与注释。FASTA应把完整列映射重新应用到每个原行，再逐行比较完整输出。

Node Worker容量与成熟读取器核验属于实现证据，生产浏览器交互与验收由主控另行记录。本文描述声明范围，不把这些检查转换为仿真或生物学结论。

参考资料

  • 四面体机器人仿真提问

    第一人称任务：原帖模型含孤立world链接和另一个三链接环。这里只审查声明图，不复现仿真器行为。

  • 有根Newick物种保留提问

    第一人称任务是保留指定物种列表，后续评论明确树有根。保留原根与提取最近共同祖先子树是不同任务。

  • FASTA整列缺口过滤提问

    第一人称要求按至少90%缺口删除整列。原帖220MB数据超过本工具10MiB输入预算。

  • URDF模型声明

    仅用于声明链接与关节的正确性参考，不能替代完整URDF或仿真验收，也不是需求证据。

  • Newick树格式

    正确性参考。本工具保留字面下划线，把匿名叶等合法变体明确列为不支持，不宣称其普遍非法。

  • Biopython对齐IO

    独立对齐序列读取参考；裁剪仍按用户明确选择的缺失字符与阈值判断。

本分类工具使用说明

展开工具，查看操作步骤、可调选项和支持范围，再直接进入工作区。

URDF声明连接图审查审查URDF声明link与joint的未解析引用、多父、根与环，并保留完整原件和准确字节位置。

在打开仿真器之前解释根link问题。检查整个声明父子图，包括独立根和另一个环分量；每个发现都能回到原XML。

操作步骤

  1. 选择或粘贴一份已展开UTF-8 robot XML，运行声明图审查。
  2. 结合未知引用、候选根、独立分量和环分量判断问题。只有有效声明树才提供深度。
  3. 下载完整JSON/CSV，对照原件字节位置，再修改模型。

可调选项

保护CSV中的公式形似文字
默认开启

能力与限制

  • 单份已展开UTF-8 robot XML，最多5 MiB，可含UTF-8 BOM；最多10,000个link、10,000个joint、XML深度64。含完整原件的JSON与CSV合计最多20 MiB，所有预算同时适用。
  • 审查声明名字、父子引用、未知link、多条传入joint、候选根、强连通环、弱连通分量及有效声明树的深度。处理成功仍可能发现结构问题；仅有一个根不足以证明图是树。
  • 重复名字、缺失或重复parent/child以及损坏XML会整批拒绝。引用未声明link、自环、普通环与多父会形成结构问题报告。名字精确且区分大小写。
  • DTD/实体声明、处理指令、带namespace的元素/xacro与名字中的未展开${...}或$(...)不支持。内建和数值XML字符引用可解码为惰性名字；不会打开mesh、package、URL或外部文件。
  • joint类型、模型版本、visual/collision/inertial/dynamics/mimic与未知XML内容均未审查，只保留原件。不提供完整URDF schema、物理或仿真校验，不修复闭环，也不保证机器人可安全运行。
  • 完整JSON保留原UTF-8文本、文件名和hash、全部link/joint及每个parent/child标签的准确UTF-8字节跨度、分量和问题；CSV包含全部link/joint。表格预览200行，每格最多2,000个UTF-16单位；大报告复制仅为明确标注的预览，下载保持完整。
打开URDF声明连接图审查 →
有根Newick分类单元裁剪在声明为有根的Newick树中保留或删除指定taxa，保持原根、未知边长、注释与精确十进制收缩记录。

提供一棵有根树及精确叶标签JSON列表。每个保留、删除、缺失或重复请求都可追溯到原件，并下载带完整来源的修改后Newick。

操作步骤

  1. 选择一棵有根UTF-8树并确认声明，用JSON数组输入精确标签。
  2. 选择保留或删除，检查存活/删除taxa、未匹配请求和精确边长变更。
  3. 下载新Newick及完整JSON/CSV，先核对原根路径和未知长度状态。

可调选项

我声明此树有根，并保留原根
默认开启
请求列表模式
保留列表中的taxa · 删除列表中的taxa
保护CSV中的公式形似文字
默认开启

能力与限制

  • 单棵UTF-8 Newick最多5 MiB，可含BOM；taxa JSON数组最多1 MiB。最多50,000节点、10,000内部括号深度、10,000请求；每个解码标签与数值token最多4,096个UTF-16单位，指数绝对值最多100。完整JSON、CSV和Newick合计最多20 MiB。
  • 必须声明输入为有根树。保留/删除按精确区分大小写的叶标签，下划线保持文字；支持单引号标签和连续两个单引号转义。原树重复叶标签会整批拒绝，重复请求及未匹配标签分别保留。
  • 原根及其边长保持。仅当非根单子节点没有标签/注释，且其边长与存活子节点边长都存在时才收缩，十进制加法精确且不受float64范围限制；缺失边长保持未知，不改成零。
  • 存活内部标签/support与注释仍附在对应节点；含注释或未知长度的单子节点保持。不做MRCA提取、重新定根、无根最小子树搜索、严格最少节点优化或生物学推断。
  • 匿名叶及[&U]等其它前置directive不在此profile内，[&R]会保留；不代表这些形式违反Newick标准。删除全部叶会整批拒绝，请调整模式或列表至少保留一叶。
  • 完整JSON保存两份原输入与hash、全部原节点/边长跨度、所有请求（包括重复）、保留/删除/未匹配taxa与精确收缩记录。CSV包含所有原taxon及未匹配唯一请求。预览200行，每格2,000个UTF-16单位；大报告复制只有明确预览，完整下载原子交付。
打开有根Newick分类单元裁剪 →
对齐FASTA整列裁剪按明确缺失字符集合和阈值删除alignment整列，保留每条序列、完整header及全部原列到新列映射。

对全部等宽序列应用同一列决定。先检查缺失数量和保留坐标，再下载投影后的alignment；只有明确选择N/X时才将其计为缺失。

操作步骤

  1. 选择或粘贴一份等宽aligned FASTA，明确缺失字符集合和整列规则。
  2. 运行后检查原列、保留列及删除列数量；涉及位置时核对完整列映射。
  3. 下载投影FASTA和完整JSON/CSV，将原件及坐标一起交接。

可调选项

明确缺失字符（不加分隔符）
-
整列删除规则
至少达到百分比 · 任一选定缺失字符
整数百分比阈值
90
保护CSV中的公式形似文字
默认开启

能力与限制

  • 单份等宽UTF-8 aligned FASTA最多10 MiB，可含BOM与LF/CRLF；最多10,000行序列、100,000原列、8,000,000总residue位点，完整header最多65,536个UTF-16单位，非空物理序列片段最多200,000。完整JSON、CSV和FASTA合计最多40 MiB。
  • residue支持ASCII大小写字母、*、?、.与-；完整UTF-8 header、重复ID和来源跨度分别保留。孤立CR、不支持字符、不等宽以及header控制字符会拒绝；原件文本保留空行。
  • 明确选择缺失字符及“任一缺失”或0–100整数百分比。百分比按缺失数×100 >= 行数×阈值整列删除；90%时10行中9个缺失删除、8个保留，0%时删除全部列。
  • N/X歧义字符默认不是gap，只有选择后才计为缺失。不执行alignment、关系推断或最佳生物学裁剪。引用需求中的220MB文件超出此10MiB profile。
  • 完整JSON保存原件/hash、每个完整header、物理来源跨度、全部missingCounts、完整零基列映射及每条投影序列。CSV覆盖每个原列，新坐标null/空表示已删除；不会静默截断膨胀的数百万原因索引。
  • 零列输出为明确有效状态：每个原header仍存在，序列为空。输出FASTA使用LF，原LF/CRLF/BOM可由报告原文重建。预览200行、每格2,000个UTF-16单位；大报告复制为标注预览，完整下载原子交付。
打开对齐FASTA整列裁剪 →

本文相关工具

URDF声明连接图审查 →审查URDF声明link与joint的未解析引用、多父、根与环，并保留完整原件和准确字节位置。有根Newick分类单元裁剪 →在声明为有根的Newick树中保留或删除指定taxa，保持原根、未知边长、注释与精确十进制收缩记录。对齐FASTA整列裁剪 →按明确缺失字符集合和阈值删除alignment整列，保留每条序列、完整header及全部原列到新列映射。