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裁剪树与对齐序列时保留来源映射

解释孤立根、未知枝长和看似合理的裁剪序列为何可能掩盖任务差异，交付前用完整原件与编辑映射核对声明。

Neatbo 编辑部更新于 约 6 分钟阅读

看似合理的摘要可能回答了另一个任务

URDF可以只有一个候选根，却同时含不可达的环。裁剪树可以保留指定物种，却移动了根。过滤后的对齐可以行长漂亮，却给不同的行用了不同掩码。应从声明任务出发，把原件放在结果旁边。

三个工具在限定报告中保留完整原文、SHA-256来源与坐标跨度。它们不执行机器人模型，不推断生物树，也不生成序列对齐。

沿孤立world链接与另一分量追查

原帖四面体模型说明应把根、弱连通分量和有向环一起检查。示例4链接、3关节、孤立world根以及独立三链接环使validDeclaredTree=false。只返回第一个根会掩盖相关问题。

目标未声明时，报告仍保留引用名称与原文位置。未知XML和网格URL只是未审查的静态数据，声明图诊断不能替代完整URDF或仿真审查。

已知十进制距离与缺失枝长需要分别处理

从((A:0.1,B:0.2):0.3,C:0.4):0.7;删除B、C，得到(A:0.4):0.7;，因为两条参与收缩的边都有枝长，精确和为0.4，原根保留。若A没有枝长，则单子节点保留；把未知值猜成零会改变原件含义。

内部支持标签与注释阻止会丢弃它们的收缩。核对重复/未匹配请求及所有收缩记录。指定物种列表并不授权改成其最近共同祖先为根。

接收方核对项
原件特征必须核对
原根根身份和根边原始数值保留
缺失枝长未知标志保留，不替换成零
单子节点标签/注释注释保留，而非静默收缩
请求物种列表重复与未匹配请求可见

给整个对齐应用同一阈值和列映射

10行、90%时，9个缺口删除该列，8个不删除。>=判断使用整数交叉乘，避免边界比例经四舍五入改变结果。N/X是支持的普通残基，只有明确选择为缺失后才参与计数。

用missingCounts和columnMap重建所有投影行，同时保留完整表头、重复行ID与UTF-8/换行原文跨度。空列结果明确且合法，不等于缺少输出。超过10MiB的输入，包括原帖220MB数据，应使用其他工作流，不能依据本工具作未经检验的规模承诺。

交付完整文件，准确标明预览

表格最多200行，长单元格在2000 UTF-16单位后裁剪。超过20000 UTF-16单位的文本/复制是紧凑预览。完整JSON/CSV和Newick/FASTA按20/20/40MiB总预算检查，整批成功才发布。

交给接收方含原件的JSON及全部配套输出，用精确原文跨度和完整映射核对。图问题或不支持的格式是回到生产工具调查的证据。关页后浏览器内存丢失，下载文件才是持久交付。

  • 核对完整报告与原件哈希，不只看复制预览。
  • 安全CSV会给疑似公式文本加前缀；精确名称从JSON比较。
  • 修改物种、缺失字符或阈值时，把每份原件与对应结果成对保留。
  • 处理成功表示生成了限定报告，不表示模型或生物学选择正确。

参考资料

  • 四面体机器人仿真提问

    第一人称任务：原帖模型含孤立world链接和另一个三链接环。这里只审查声明图，不复现仿真器行为。

  • 有根Newick物种保留提问

    第一人称任务是保留指定物种列表，后续评论明确树有根。保留原根与提取最近共同祖先子树是不同任务。

  • FASTA整列缺口过滤提问

    第一人称要求按至少90%缺口删除整列。原帖220MB数据超过本工具10MiB输入预算。

  • URDF模型声明

    仅用于声明链接与关节的正确性参考，不能替代完整URDF或仿真验收，也不是需求证据。

  • Newick树格式

    正确性参考。本工具保留字面下划线，把匿名叶等合法变体明确列为不支持，不宣称其普遍非法。

  • Biopython对齐IO

    独立对齐序列读取参考；裁剪仍按用户明确选择的缺失字符与阈值判断。

本分类工具使用说明

展开工具，查看操作步骤、可调选项和支持范围，再直接进入工作区。

URDF声明连接图审查审查URDF声明link与joint的未解析引用、多父、根与环，并保留完整原件和准确字节位置。

在打开仿真器之前解释根link问题。检查整个声明父子图，包括独立根和另一个环分量；每个发现都能回到原XML。

操作步骤

  1. 选择或粘贴一份已展开UTF-8 robot XML，运行声明图审查。
  2. 结合未知引用、候选根、独立分量和环分量判断问题。只有有效声明树才提供深度。
  3. 下载完整JSON/CSV，对照原件字节位置，再修改模型。

可调选项

保护CSV中的公式形似文字
默认开启

能力与限制

  • 单份已展开UTF-8 robot XML，最多5 MiB，可含UTF-8 BOM；最多10,000个link、10,000个joint、XML深度64。含完整原件的JSON与CSV合计最多20 MiB，所有预算同时适用。
  • 审查声明名字、父子引用、未知link、多条传入joint、候选根、强连通环、弱连通分量及有效声明树的深度。处理成功仍可能发现结构问题；仅有一个根不足以证明图是树。
  • 重复名字、缺失或重复parent/child以及损坏XML会整批拒绝。引用未声明link、自环、普通环与多父会形成结构问题报告。名字精确且区分大小写。
  • DTD/实体声明、处理指令、带namespace的元素/xacro与名字中的未展开${...}或$(...)不支持。内建和数值XML字符引用可解码为惰性名字；不会打开mesh、package、URL或外部文件。
  • joint类型、模型版本、visual/collision/inertial/dynamics/mimic与未知XML内容均未审查，只保留原件。不提供完整URDF schema、物理或仿真校验，不修复闭环，也不保证机器人可安全运行。
  • 完整JSON保留原UTF-8文本、文件名和hash、全部link/joint及每个parent/child标签的准确UTF-8字节跨度、分量和问题；CSV包含全部link/joint。表格预览200行，每格最多2,000个UTF-16单位；大报告复制仅为明确标注的预览，下载保持完整。
打开URDF声明连接图审查 →
有根Newick分类单元裁剪在声明为有根的Newick树中保留或删除指定taxa，保持原根、未知边长、注释与精确十进制收缩记录。

提供一棵有根树及精确叶标签JSON列表。每个保留、删除、缺失或重复请求都可追溯到原件，并下载带完整来源的修改后Newick。

操作步骤

  1. 选择一棵有根UTF-8树并确认声明，用JSON数组输入精确标签。
  2. 选择保留或删除，检查存活/删除taxa、未匹配请求和精确边长变更。
  3. 下载新Newick及完整JSON/CSV，先核对原根路径和未知长度状态。

可调选项

我声明此树有根，并保留原根
默认开启
请求列表模式
保留列表中的taxa · 删除列表中的taxa
保护CSV中的公式形似文字
默认开启

能力与限制

  • 单棵UTF-8 Newick最多5 MiB，可含BOM；taxa JSON数组最多1 MiB。最多50,000节点、10,000内部括号深度、10,000请求；每个解码标签与数值token最多4,096个UTF-16单位，指数绝对值最多100。完整JSON、CSV和Newick合计最多20 MiB。
  • 必须声明输入为有根树。保留/删除按精确区分大小写的叶标签，下划线保持文字；支持单引号标签和连续两个单引号转义。原树重复叶标签会整批拒绝，重复请求及未匹配标签分别保留。
  • 原根及其边长保持。仅当非根单子节点没有标签/注释，且其边长与存活子节点边长都存在时才收缩，十进制加法精确且不受float64范围限制；缺失边长保持未知，不改成零。
  • 存活内部标签/support与注释仍附在对应节点；含注释或未知长度的单子节点保持。不做MRCA提取、重新定根、无根最小子树搜索、严格最少节点优化或生物学推断。
  • 匿名叶及[&U]等其它前置directive不在此profile内，[&R]会保留；不代表这些形式违反Newick标准。删除全部叶会整批拒绝，请调整模式或列表至少保留一叶。
  • 完整JSON保存两份原输入与hash、全部原节点/边长跨度、所有请求（包括重复）、保留/删除/未匹配taxa与精确收缩记录。CSV包含所有原taxon及未匹配唯一请求。预览200行，每格2,000个UTF-16单位；大报告复制只有明确预览，完整下载原子交付。
打开有根Newick分类单元裁剪 →
对齐FASTA整列裁剪按明确缺失字符集合和阈值删除alignment整列，保留每条序列、完整header及全部原列到新列映射。

对全部等宽序列应用同一列决定。先检查缺失数量和保留坐标，再下载投影后的alignment；只有明确选择N/X时才将其计为缺失。

操作步骤

  1. 选择或粘贴一份等宽aligned FASTA，明确缺失字符集合和整列规则。
  2. 运行后检查原列、保留列及删除列数量；涉及位置时核对完整列映射。
  3. 下载投影FASTA和完整JSON/CSV，将原件及坐标一起交接。

可调选项

明确缺失字符（不加分隔符）
-
整列删除规则
至少达到百分比 · 任一选定缺失字符
整数百分比阈值
90
保护CSV中的公式形似文字
默认开启

能力与限制

  • 单份等宽UTF-8 aligned FASTA最多10 MiB，可含BOM与LF/CRLF；最多10,000行序列、100,000原列、8,000,000总residue位点，完整header最多65,536个UTF-16单位，非空物理序列片段最多200,000。完整JSON、CSV和FASTA合计最多40 MiB。
  • residue支持ASCII大小写字母、*、?、.与-；完整UTF-8 header、重复ID和来源跨度分别保留。孤立CR、不支持字符、不等宽以及header控制字符会拒绝；原件文本保留空行。
  • 明确选择缺失字符及“任一缺失”或0–100整数百分比。百分比按缺失数×100 >= 行数×阈值整列删除；90%时10行中9个缺失删除、8个保留，0%时删除全部列。
  • N/X歧义字符默认不是gap，只有选择后才计为缺失。不执行alignment、关系推断或最佳生物学裁剪。引用需求中的220MB文件超出此10MiB profile。
  • 完整JSON保存原件/hash、每个完整header、物理来源跨度、全部missingCounts、完整零基列映射及每条投影序列。CSV覆盖每个原列，新坐标null/空表示已删除；不会静默截断膨胀的数百万原因索引。
  • 零列输出为明确有效状态：每个原header仍存在，序列为空。输出FASTA使用LF，原LF/CRLF/BOM可由报告原文重建。预览200行、每格2,000个UTF-16单位；大报告复制为标注预览，完整下载原子交付。
打开对齐FASTA整列裁剪 →

本文相关工具

URDF声明连接图审查 →审查URDF声明link与joint的未解析引用、多父、根与环，并保留完整原件和准确字节位置。有根Newick分类单元裁剪 →在声明为有根的Newick树中保留或删除指定taxa，保持原根、未知边长、注释与精确十进制收缩记录。对齐FASTA整列裁剪 →按明确缺失字符集合和阈值删除alignment整列，保留每条序列、完整header及全部原列到新列映射。