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计算 CAI 并保留完整密码子来源

按完整 CDS 选择 CAI 来源、遗传密码表和阅读框，逐项查看基因状态并保存全部密码子位置与来源交付。

更新于 约 6 分钟阅读

先声明完整来源

基因与参考分别提供完整 UTF-8 FASTA，或选择原始 61 项大肠杆菌权重、明确的 codon,weight CSV。每个活跃角色选择完整粘贴或一个本地文件。保留大小写、CRLF、BOM、完整头、ID 和字节身份；ID 在同一角色内唯一。

三种模式属于同一个完整 CAI 任务
模式活跃来源（按顺序）权重与 STOP 边界
referencegenes + references完整参考计数建立 64 项索引；原始 0 与平滑 0.5 分开，已索引 STOP 参与。
legacy61genes仅密码表 1；使用原始 61 项权重，缺失 TAA/TAG/TGA 保持 null，按字面规则跳过。
explicitgenes + weights仅使用实际提供的正有限权重；保留十进制字面值与 span，不补造缺项。

明确阅读框和上游规则

六个参数均明确捕获：模式、27 张 DNA 密码表之一、基因和参考正向阅读框 0/1/2、upstream-indexed STOP 规则及报告语言。不会推断物种参考、裁切尾部或接受歧义碱基。空 CDS、尾部、重复 ID、无效 UTF-8 或错误权重使整个任务失败。

保留未定义记录和全部权重

参考计数中的原始 0 与平滑 0.5 分开保存；蛋白分组按原始顺序，STOP 最后覆盖双重编码权重。字面 ATG/TGG 在所有表中排除。原始旧权重缺失的三项 STOP 保持 null。零参与基因保留 null CAI/log CAI、分母 0 和完整位置，不能冒充数值结果。

查看并保存完整结果

可以按记录和页码访问每条基因、参考及密码子。原始来源与全部 64 行权重均完整保留。

完整交付包含 cai-report.json、cai-codons.csv、cai-genes.csv、cai-weights.csv、genes-source.fasta、活跃的 references-source.fasta 或 weights-source.csv（旧权重模式无第二来源）、settings.json 和完整双许可证 NOTICE.txt。复制内容是整个 JSON。压缩列是规范 base64 uint8/uint32LE，无抽样行。

CSV 保留原始 ID，使用 RFC4180 引号。表格软件中请把标识列作为文本导入。JSON 和原始下载保留完整内容。

下载文件如何连接到完整来源
文件完整内容核对方式
cai-report.json全部来源身份、参数、表、分组、64 权重、记录与规范 packed 列复制内容就是完整 JSON。
cai-codons.csv全部基因与参考密码子；三个碱基各自的字节/行/列、计数、权重和分母按来源、记录与密码子序号连接。
cai-genes.csv每个原始 ID、CAI/log CAI/log sum、实际分母与状态保留分母 0 的 null 记录。
cai-weights.csv按 ACGT64 顺序的全部权重行、原始/平滑计数、分组和输入字面值 span缺失条目保留 null，不能补成 1。
genes-source.fasta + references-source.fasta / weights-source.csv活动来源完整原始字节；legacy61 没有第二来源下载名固定，报告保留原名、MIME、lastModified 与 SHA。
settings.json + NOTICE.txt全部有效参数、profile、密码表、核心 pins、来源身份及完整双许可证与原始来源和整个报告一起保存。

联合限制和恢复

联合限制：输入 64 MiB；基因与参考各 10,000 条；1,000 万碱基；400 万密码子；64 项明确权重；4,000 万数值工作单位。同时受表示与内存限制。

所有物理文件合计 256 MiB；完整文本和复制各 256 MiB；完整转义 typed JSON 512 MiB；合计 1,280 MiB；wire 4 GiB；owned 1,536 MiB；同一个 180 秒时限。各上限并非同时可达容量证明。

运行时读取完整本地字节。捕获、读取、哈希、加载、计算、完整导出、校验、清理及首次展示共用一个 180 秒时限。

修正完整输入或选项后重新运行。每次运行创建新的工作线程，已选文件可再次使用。

1,000 万碱基与 400 万完整三联体不能同时达到（密码子需要三倍碱基）；保留两个原始限制。数值工作单位不代表全部 CPU 指令。内存元数据预留是估计，真实容量、原生峰值和浏览器完整矩阵仍需独立验收。

  • 先核对 sourceOrdinal 与 recordOrdinal，再检查完整头、阅读框前缀及每个原始位置。
  • 遇到尾部、歧义、重复 ID、缺失必要来源或无效权重时修正整个输入，不使用部分输出。
  • 取消或超时后沿用完整来源和明确的六参数重新运行；原文件可以再次选用。
  • 保留所有下载；联合门限和预留值不等于真实容量或 Native 生命周期已验收。

参考资料

本分类工具使用说明

展开工具，查看操作步骤、可调选项和支持范围，再直接进入工作区。

完整密码子适应指数从完整 DNA CDS 和明确的参考或权重计算 CAI，保留全部基因状态、64 项权重、原始字节与密码子位置。

从完整 DNA CDS 和明确的参考或权重计算 CAI，保留全部基因状态、64 项权重、原始字节与密码子位置。

操作步骤

  1. 声明模式、密码表和正向阅读框，提供完整活跃来源。
  2. 运行后逐条查看基因状态、64 项权重及原始位置。
  3. 复制完整 JSON，下载全部来源、设置、CSV 和 NOTICE。

能力与限制

  • 联合限制：输入 64 MiB；基因与参考各 10,000 条；1,000 万碱基；400 万密码子；64 项明确权重；4,000 万数值工作单位。同时受表示与内存限制。
  • 所有物理文件合计 256 MiB；完整文本和复制各 256 MiB；完整转义 typed JSON 512 MiB；合计 1,280 MiB；wire 4 GiB；owned 1,536 MiB；同一个 180 秒时限。各上限并非同时可达容量证明。
  • 每个活跃角色仅允许一个完整粘贴来源或一个本地文件。无歧义 ACGT；ID 在同一角色中唯一；不裁切尾部、推断物种或补造 STOP 权重。
  • 字面移植 Biopython 1.85 CAI 方法；保留全部 27 张 DNA 表和原始 Biopython 1.81 旧权重。NOTICE.txt 包含完整双许可证。
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