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导出 processed ABIF 的完整 trace 选区

选择采样或 basecall 范围，核对通道与存储锚点，保存完整选区 SVG、CSV、全部 call 质量和原件。

更新于 约 5 分钟阅读

选择一个支持的原件

恰好选择一个最多 16 MiB 的 ABIF/AB1 文件。processed ABIF101 有限域需要 DATA9–12、FWO_1、PBAS2 和 PLOC2；可选 PCON2 提供 call 质量，不解释 raw dye 通道，也不重新叫碱基。扩展名仅用于文件选择提示。

最多 5,000 个目录项、每通道 500,000 点、40,000 个 call。有序目录元数据及 payload 哈希保留在报告中；未知 payload 字节留在原件。四个 processed 通道必须等长，并按实际 FWO_1 排列绑定。

先选坐标，再填数值

Samples 是从 0 开始、包含两端的数组索引；Bases 是从 1 开始、包含两端的 PBAS2 call 位置。base 范围以首末 PLOC2 锚点确定采样范围，不增加侧翼。start/end 要是安全整数，end 不小于 start，并处于该文件范围内。

上限为 8,000 个选中采样点，并非 8,000 个 basecall。很短的 call 区间也可能跨很多采样点，应核对 sampleStart/sampleEnd 和 selectedPoints。默认请求 samples 0–499，不会自动截短不足 500 点的文件。

坐标选择
方式起点原点包含 end交付采样
Samples0是从 start 到 end 的每个数组索引
Bases1是两个原 PLOC2 锚点之间的全部采样

核对合成范围与质量差别

内置 synthetic-trace.ab1 为 1,378 字节的合成文件，每通道 128 点、16 个 call，质量依次为 20–35。选 samples 0–7 保留下方八行数值，选区中只有 call 1（A，锚点 4，质量 20）；全部 16 个 call 仍在报告与 basecalls.csv 中。它不是论坛作者的附件或实验色谱。

前 3 个 call 为 A@4、C@12、G@20，因此 bases 1–3 对应 samples 4–20，包含两端共 17 点。默认 end=499 不适用于此 128 点演示；加载示例会明确设置 0–7，不自动截短默认范围。

PBAS2 可包含大写 IUPAC 模糊符号，输出保留标记。PCON2 值为 0–255；不存在时每条质量为 null，CSV 质量格为空。已存的零仍为 0，不能与缺失混淆。

合成文件的完整 samples 0–7
sample_index,A,C,G,T
0,16,-12,-12,-12
1,34,-12,-12,-12
2,52,-12,-12,-12
3,70,-12,-12,-12
4,88,-12,-12,-12
5,70,-12,-12,-12
6,52,-12,-12,-12
7,34,-2,-12,-12

保留完整选区曲线与全源 call

每页 trace-NNN.svg 最多 500 个选中采样位置及四个通道的全部坐标，不抽稀、平滑或裁掉数值。所有页共用包含零的选区有符号值域，单点选区绘四个可见标记；标签来自该页内的原存 call 锚点。

下载全部页和两个 CSV。samples.csv 保留每个选中索引的 A/C/G/T 值；basecalls.csv 保留全部原始 call 和质量，包括显示范围之外。完整报告复制与 report.json 字节相同，有限预览不能代替数据集。

完整交付
文件完整保留
report.json源/哈希、目录、通道绑定、选区、全源 call 与全部选中采样
samples.csv每个选中采样索引和 A/C/G/T 数值
basecalls.csv全源 call 位置、碱基、锚点和质量
trace-NNN.svg全部分页的选中点及范围内锚定 call 标签
original.input全部原始字节，包括不透明 tag
  • 先确认 samples 或 bases 坐标，再核对 report.json 中实际解析的 sampleStart、sampleEnd 与 selectedPoints。
  • 核对实际 FWO_1 通道绑定和原存 PLOC2 call 锚点，区分缺少 PCON2 质量与已存零值。
  • 下载所有 trace-NNN.svg 页、samples.csv、basecalls.csv、report.json 与 original.input；显示范围外的 call 仍在完整 call 导出中。
  • 取消或超时后，用保留的同一原 File 与范围参数重跑。范围被拒绝时先检查原件界限，再明确选择合法范围。

保留原件再恢复

范围错误时核对文件坐标界限，再选择较小的合法范围；格式或 payload 错误需要支持该文件的读者，改名或把 raw 当 processed 不能修复源。完整文件加报告文本最多 32 MiB，不靠截短字段通过。

一个 10 秒时限覆盖读文件、加载、处理、结果校验和首次显示。取消/超时不留部分或迟到结果，停止后可用相同原 File 与参数重试。内容和文件名留在浏览器中，不持久保存源。processed 有限域不认证整个 ABIF 标准，也不解释生物结果。

参考资料

  • zslee：稿件中的局部色谱 trace

    作者明确只需要一段 trace，并接受分辨率更高的方法。未取得实际 AB1 附件，示例均为合成数据。

  • Biopython ABI 读者

    实际读者和 fixture 支持所声明的 processed ABIF101 有限域。未取得完整官方 ABIF 规范，不声称全标准或 raw channel 合规。

本分类工具使用说明

展开工具，查看操作步骤、可调选项和支持范围，再直接进入工作区。

Processed ABIF trace 选区导出 ABIF 选区内每个 processed ACGT 采样点，保留已存 basecall 锚点、全部质量值、完整 SVG 分页与原始字节。

导出 ABIF 选区内每个 processed ACGT 采样点，保留已存 basecall 锚点、全部质量值、完整 SVG 分页与原始字节。

操作步骤

  1. 选择一个原始 AB1/ABIF 文件。
  2. 选择采样或 basecall 坐标，填写包含两端的 start/end；basecall 坐标从 1 开始。
  3. 导出选区，核对实际采样界限、通道绑定和质量是否存在。
  4. 保存每页 SVG、完整 samples/basecalls CSV、报告和原件；需要完整报告时使用复制或下载。

可调选项

坐标方式
采样索引（从 0 开始） · Basecall 位置（从 1 开始）
起点（包含）
0

采样最小为 0，basecall 最小为 1。

终点（包含）
499

必须 ≥ start，并在原文件范围内；最多 8,000 个采样点。

能力与限制

  • 恰好选择一个最多 16 MiB 的原始文件，文件名最多 512 UTF-8 字节。内容必须符合 processed ABIF101 有限域；扩展名为 .ab1 不代表一定支持。输入和文件名留在浏览器中。
  • 读取 processed DATA9–12 的有符号 16 位通道，按 FWO_1 的 ACGT 排列绑定，使用 PBAS2 basecall 和严格递增的 PLOC2 锚点。可选 PCON2 保留 0–255 的无符号质量值；缺失质量为 null，与 0 区别保留。不支持 raw channel、平滑或猜测 basecall。
  • 最多 5,000 个目录项、每通道 500,000 点和 40,000 个 basecall。四通道必须非空且等长，call 可含支持的大写 IUPAC DNA 符号；模糊 call 保持标记，不改成 ACGT。
  • 采样坐标从 0 开始，两端包含；basecall 位置从 1 开始，两端包含。base 区间由首末位置对应的原 PLOC2 锚点映射为采样界限，不增加侧翼。start/end 必须为安全整数、end ≥ start，且在该文件范围内。
  • 最多选择 8,000 个采样点。每页 trace-NNN.svg 最多 500 个选中采样点，保留全部 A/C/G/T 坐标，不抽稀或平滑。原存负值仍显示，所有页共用包含零的选区有符号值域；单点选区绘出四个可见通道标记。
  • 下载 report.json、samples.csv、basecalls.csv、每页 trace-NNN.svg 及 original.input。samples.csv 包含完整选区；basecalls.csv 和报告保留全源 call 与质量值，包括选区以外的记录。原件保留全部不透明 tag 字节。
  • 完整文件加完整报告文本合计最多 32 MiB。报告保留有序目录元数据、payload 哈希、通道绑定、精确选区及全部选中采样点。完整报告复制与 report.json 字节相同；有限预览不截短导出。
  • 一个 10 秒时限覆盖源检查、读文件、加载、处理、校验及首次显示。取消或超时不发布迟到或部分结果，保留相同原文件和参数可重试。这是 processed 有限域，不是全 ABIF 标准认证或医学解释。
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