Processed ABIF trace 选区
导出 ABIF 选区内每个 processed ACGT 采样点,保留已存 basecall 锚点、全部质量值、完整 SVG 分页与原始字节。
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工具输入和文件在当前浏览器处理,不会上传。
开始之前
导出 ABIF 选区内每个 processed ACGT 采样点,保留已存 basecall 锚点、全部质量值、完整 SVG 分页与原始字节。
如何使用
- 选择一个原始 AB1/ABIF 文件。
- 选择采样或 basecall 坐标,填写包含两端的 start/end;basecall 坐标从 1 开始。
- 导出选区,核对实际采样界限、通道绑定和质量是否存在。
- 保存每页 SVG、完整 samples/basecalls CSV、报告和原件;需要完整报告时使用复制或下载。
支持范围与限制
恰好选择一个最多 16 MiB 的原始文件,文件名最多 512 UTF-8 字节。内容必须符合 processed ABIF101 有限域;扩展名为 .ab1 不代表一定支持。输入和文件名留在浏览器中。
读取 processed DATA9–12 的有符号 16 位通道,按 FWO_1 的 ACGT 排列绑定,使用 PBAS2 basecall 和严格递增的 PLOC2 锚点。可选 PCON2 保留 0–255 的无符号质量值;缺失质量为 null,与 0 区别保留。不支持 raw channel、平滑或猜测 basecall。
最多 5,000 个目录项、每通道 500,000 点和 40,000 个 basecall。四通道必须非空且等长,call 可含支持的大写 IUPAC DNA 符号;模糊 call 保持标记,不改成 ACGT。
采样坐标从 0 开始,两端包含;basecall 位置从 1 开始,两端包含。base 区间由首末位置对应的原 PLOC2 锚点映射为采样界限,不增加侧翼。start/end 必须为安全整数、end ≥ start,且在该文件范围内。
最多选择 8,000 个采样点。每页 trace-NNN.svg 最多 500 个选中采样点,保留全部 A/C/G/T 坐标,不抽稀或平滑。原存负值仍显示,所有页共用包含零的选区有符号值域;单点选区绘出四个可见通道标记。
下载 report.json、samples.csv、basecalls.csv、每页 trace-NNN.svg 及 original.input。samples.csv 包含完整选区;basecalls.csv 和报告保留全源 call 与质量值,包括选区以外的记录。原件保留全部不透明 tag 字节。
完整文件加完整报告文本合计最多 32 MiB。报告保留有序目录元数据、payload 哈希、通道绑定、精确选区及全部选中采样点。完整报告复制与 report.json 字节相同;有限预览不截短导出。
一个 10 秒时限覆盖源检查、读文件、加载、处理、校验及首次显示。取消或超时不发布迟到或部分结果,保留相同原文件和参数可重试。这是 processed 有限域,不是全 ABIF 标准认证或医学解释。
操作示例
示例输入
合成 processed ABIF101 文件 synthetic-trace.ab1(1,378 字节),每通道 128 点、16 个 call。下方为 samples 0–7 的八行完整数值;这不是作者附件或实验数据。
示例参数
{"rangeKind":"samples","start":0,"end":7}示例输出
sample_index,A,C,G,T 0,16,-12,-12,-12 1,34,-12,-12,-12 2,52,-12,-12,-12 3,70,-12,-12,-12 4,88,-12,-12,-12 5,70,-12,-12,-12 6,52,-12,-12,-12 7,34,-2,-12,-12
出现问题时
保留原件。修正坐标或缩小为最多 8,000 个采样点后重试;base 区间要按存储锚点计算实际点数。格式或 payload 错误需使用支持该文件的 ABI 编辑器检查,不能改扩展名绕过。超时/取消后相同原 File 与参数可重试;raw channel 文件需要其他兼容读者。
常见问题
samples 与 bases 的起点为何不同?
samples 是从 0 开始的数组索引;bases 是从 1 开始的 PBAS2 call 位置。两种范围都包含 end。base 范围只取首末 PLOC2 锚点之间的采样,不添加侧翼。
缺失质量会写成 0 吗?
不会。PCON2 不存在时质量为 null;存在且值为 0 时保留数值 0。CSV 空质量格表示缺失,0 表示原值为零。
选区以外的 basecall 会丢失吗?
不会。报告和 basecalls.csv 保留全源 call、锚点与质量;SVG 只标记选区内的 call。samples.csv 记录每个选中采样点的 A/C/G/T 数值。
这是否处理 raw 数据或重新叫碱基?
不处理。该有限域使用 DATA9–12 processed 通道、FWO_1、PBAS2、PLOC2 和可选 PCON2;不平滑、不抽稀、不重新叫碱基,也不声称支持整个 ABIF 标准。