Trace 采样点与 basecall 坐标要一起保留
区分采样索引、已存 call 锚点与缺失质量，让局部色谱图仍能回到完整原件核对。
局部图仍需要坐标证据
原论坛作者明确说明，稿件只需要一段色谱。可复用的选区 trace 能保留精确采样与锚点，不必把整个文件做成很长的图片。任务是局部范围，但源身份仍应绑定完整 AB1。
未取得作者实际附件。内置示例为合成数据，实际读者和 fixture 仅证明 processed ABIF101 有限域；不证明 raw channel 或全标准兼容。
采样与叫出的碱基是不同位置
四个 processed 数组在每个采样索引上各存一个值。PBAS2 存 call，PLOC2 指出每个 call 所在的采样锚点。因此，第 2 个 basecall 不一定是采样索引 2。
需要精确数组区间时选 samples，需要原存 call 之间的区间时选 bases。两端都包含，base 从 1 开始，sample 从 0 开始；不额外增加侧翼、平滑或新 call。
合成演示的前 3 个 call 为 A@4（质量 20）、C@12（21）、G@20（22）。bases 1–3 因而导出 samples 4–20 共 17 点；samples 0–7 导出八点，仅包含 A@4。无论选哪个范围，完整 basecalls.csv 都保留 16 个 call。这一小例从内置合成原件逐字段核对，不来自作者附件。
| 数据 | 坐标 | 含义 |
|---|---|---|
| Processed trace | 从 0 开始的采样索引 | 原存 A/C/G/T 通道值 |
| Basecall | 从 1 开始的 PBAS2 位置及 PLOC2 锚点 | 原存 call 及其采样锚点 |
| 质量 | 每个 call 的可选 PCON2 记录 | 原存无符号值，缺失为 null |
缺失质量不是一个低质量值
PCON2 缺失时质量为 null；存在且值为零时仍为 0。两者描述的源内容不同，应该保留在报告和完整 basecall CSV 中，不能用某个数字替代缺失。
IUPAC 模糊 call 也保留原锚点和标签。工具不会根据通道峰猜测一个更明确的碱基。FWO_1 决定 DATA9–12 与 A/C/G/T 的对应，数组顺序本身不足以证明绑定。
矢量图与截图各有用途
截图记录所选像素分辨率下的可见视图；完整 SVG 分页保留每个选中点，可以在接收编辑器中缩放。应同时保留数值和矢量图，以便核对几何，而不只是看外观。
samples.csv 保留每个选中采样；即使锚点在选区外，全部原始 call 仍保留在 basecalls.csv 与 report.json 中。保留 original.input 可让其他兼容读者检查全源。
- 先选择 samples 或 bases，再输入包含两端的 start/end。
- 使用图形前核对解析后的采样界限与 selectedPoints。
- 下载全部 SVG 页，对照 CSV 中每个选中采样。
- 保留全部 call 质量、目录元数据和逐字节原件。
明确选择更小的范围
选区最多 8,000 个采样点，SVG 每页最多 500 点，完整文件加报告文本最多 32 MiB。范围非法或超限时明确拒绝，不静默缩短。
取消或 10 秒整次操作时限不产生部分或迟到图形。可用相同 File 和参数重试，或记录主动缩小的范围。处理留在浏览器，图形展示原存测量，不解释测序实验。
参考资料
- zslee：稿件中的局部色谱 trace
作者明确只需要一段 trace，并接受分辨率更高的方法。未取得实际 AB1 附件，示例均为合成数据。
- Biopython ABI 读者
实际读者和 fixture 支持所声明的 processed ABIF101 有限域。未取得完整官方 ABIF 规范，不声称全标准或 raw channel 合规。
本分类工具使用说明
展开工具，查看操作步骤、可调选项和支持范围，再直接进入工作区。
Processed ABIF trace 选区导出 ABIF 选区内每个 processed ACGT 采样点，保留已存 basecall 锚点、全部质量值、完整 SVG 分页与原始字节。
导出 ABIF 选区内每个 processed ACGT 采样点，保留已存 basecall 锚点、全部质量值、完整 SVG 分页与原始字节。
操作步骤
- 选择一个原始 AB1/ABIF 文件。
- 选择采样或 basecall 坐标，填写包含两端的 start/end；basecall 坐标从 1 开始。
- 导出选区，核对实际采样界限、通道绑定和质量是否存在。
- 保存每页 SVG、完整 samples/basecalls CSV、报告和原件；需要完整报告时使用复制或下载。
可调选项
- 坐标方式
- 采样索引（从 0 开始） · Basecall 位置（从 1 开始）
- 起点（包含）
- 0
采样最小为 0，basecall 最小为 1。
- 终点（包含）
- 499
必须 ≥ start，并在原文件范围内；最多 8,000 个采样点。
能力与限制
- 恰好选择一个最多 16 MiB 的原始文件，文件名最多 512 UTF-8 字节。内容必须符合 processed ABIF101 有限域；扩展名为 .ab1 不代表一定支持。输入和文件名留在浏览器中。
- 读取 processed DATA9–12 的有符号 16 位通道，按 FWO_1 的 ACGT 排列绑定，使用 PBAS2 basecall 和严格递增的 PLOC2 锚点。可选 PCON2 保留 0–255 的无符号质量值；缺失质量为 null，与 0 区别保留。不支持 raw channel、平滑或猜测 basecall。
- 最多 5,000 个目录项、每通道 500,000 点和 40,000 个 basecall。四通道必须非空且等长，call 可含支持的大写 IUPAC DNA 符号；模糊 call 保持标记，不改成 ACGT。
- 采样坐标从 0 开始，两端包含；basecall 位置从 1 开始，两端包含。base 区间由首末位置对应的原 PLOC2 锚点映射为采样界限，不增加侧翼。start/end 必须为安全整数、end ≥ start，且在该文件范围内。
- 最多选择 8,000 个采样点。每页 trace-NNN.svg 最多 500 个选中采样点，保留全部 A/C/G/T 坐标，不抽稀或平滑。原存负值仍显示，所有页共用包含零的选区有符号值域；单点选区绘出四个可见通道标记。
- 下载 report.json、samples.csv、basecalls.csv、每页 trace-NNN.svg 及 original.input。samples.csv 包含完整选区；basecalls.csv 和报告保留全源 call 与质量值，包括选区以外的记录。原件保留全部不透明 tag 字节。
- 完整文件加完整报告文本合计最多 32 MiB。报告保留有序目录元数据、payload 哈希、通道绑定、精确选区及全部选中采样点。完整报告复制与 report.json 字节相同；有限预览不截短导出。
- 一个 10 秒时限覆盖源检查、读文件、加载、处理、校验及首次显示。取消或超时不发布迟到或部分结果，保留相同原文件和参数可重试。这是 processed 有限域，不是全 ABIF 标准认证或医学解释。