枚举最大遗漏切割深度内的全部肽出现位置
准备一条严格蛋白序列或 FASTA，选择切割规则，保留完整位置、CSV、报告和源原字节。
选择一个蛋白和实际格式
一个物理残基行选择序列格式；首行以 > 开头并含非空标题的一条记录选择 FASTA。格式必须明确选择，文件扩展名不会改变它。所选文件优先于粘贴文本；清除文件选择后才使用文本框。
只使用大写 ASCII ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY，最多 20,000 个残基。空格、小写、歧义残基、缺口、终止符和修饰写法均拒绝。FASTA 序列可以分成多个非空残基行，标题之后允许空行；第二个标题使整份输入拒绝，不会只取第一个蛋白。
UTF-8 输入允许一个开头 BOM、LF 和 CRLF，包括混合换行；原件保持这些字节。孤立 CR 和非法 UTF-8 拒绝。完整 FASTA 标题最多 65,536 个 UTF-8 字节，不计 >，不含制表符、控制字符或 BOM。标题和空行都计入 50,000 个物理行的上限。文件最多 1 MiB，文件名最多 512 个 UTF-8 字节。
设置规则和最大深度
作者 K/R 规则在每个 K 或 R 后切割，包括 P 前。Expasy 胰蛋白酶使用 Pyteomics 4.7.5 的规则：通常不在 P 前的 K/R 后切割，但明确保留 WKP 和 MRP 例外。两者都包含末端边界。将所选规则与结果一同保留，其他分析才能复现同一组切割位置。
填写 0–10 的整数上限。上限 1 包括未遗漏的单片段与相邻双片段窗口，不是只取后者。提高上限会增加直到该深度的更长连续窗口。
| 最大深度 | 包含的肽窗口 | 出现记录数 |
|---|---|---|
| 0 | GR；GK；A | 3 |
| 1 | GR；GRGK；GK；GKA；A | 5 |
| 2 | GR；GRGK；GK；GRGKA；GKA；A | 6 |
按出现记录读取坐标
残基坐标从 0 开始，包含 start0，不包含 end0。对 GRGKA，[0,2) 是 GR，[2,5) 是 GKA。missedCleavages 是该窗口实际跳过的内部切割边界数，不是所选最大深度。
cuts0 包含 0、所选规则的全部切割边界和序列长度。出现记录按 end0、start0 排序。不同坐标上的相同序列必须保留：KRK 在深度 0 下，K 分别位于 [0,1) 和 [2,3)。不按唯一序列去重。
start0,end0,missedCleavages,sequence
0,2,0,GR
0,4,1,GRGK
2,4,0,GK
2,5,1,GKA
4,5,0,A
保留三份完整交付件
屏幕最多预览 4,000 个 Unicode 码点；复制获得完整 result-report.json，包含全部切割边界与每个出现记录。交接分析时下载三份文件，原件标识这些位置所对应的精确来源。
报告保留完整 FASTA 标题，序列格式则为 null；同时记录明确格式、规则、最大深度、源名称、字节数、SHA256、BOM、换行元数据、全部计数、边界、出现记录和导出元数据。CSV 保留每个出现记录的四个字段，不截断序列。原件下载使用固定文件名，原始源名称保留在报告中。
| 文件 | 核查内容 |
|---|---|
| peptides.csv | 与报告同序的每条 start0、end0、missedCleavages 和完整 sequence |
| result-report.json | 源身份、完整标题、规则、cuts0、全部出现记录、计数和导出大小 |
| source-protein.txt / source-protein.fasta | 实际来源的精确原字节，包括 BOM、标题、空行和换行 |
- 运行前确认实际来源、明确格式、切割规则和最大深度；所选文件优先于粘贴文本。
- 完成后下载三份文件，将 CSV 数据行数（不计表头）与 result-report.json 的 occurrenceCount 核对。
- 按顺序核对 CSV 与报告中的出现记录，保留不同坐标上的相同序列；将原件与报告中的源身份信息一同保留。
从拒绝中恢复，保留完整枚举
分配出现记录输出前先计算完整计数。保护上限是 200,000，自然可接受计数最高 199,991，深度 10 的首次跨越是 200,002。其他约束下不存在自然产生恰好 200,000 条的合法输入。
1 MiB 输入和合计 32 MiB 下载是保护上限。完整合法源语法的字节上界为 185,540；完整报告、CSV 和原件的保守合计上界为 20,141,739。这些更严格的约束使合法输入和输出无法触达较大上限的恰好值，不代表实测浏览器内存。
10 秒截止时间从读文件和加载之前开始，覆盖 Worker 就绪与计算。取消或超时会终止未完成的处理，不发布部分文件、报告复制内容或迟到结果。可保留同一所选 File 和参数重试；语法错误需修正来源，计数超限需减少蛋白长度或深度。
处理留在浏览器，不上传输入内容或名称。结果枚举理论窗口，不确定肽质量、修饰、实验产量或实际酶切概率。
参考资料
- Klemens Fröhlich：遗漏切割组合
已捕获的完整问题、两份答案和全部评论支持蛋白/FASTA 与所选深度内全部窗口的任务；未证明浏览器偏好或作者已完成。
本分类工具使用说明
展开工具，查看操作步骤、可调选项和支持范围，再直接进入工作区。
理论肽序列与出现位置从单蛋白序列或单记录 FASTA 枚举所选遗漏切割深度内的全部理论肽，保留出现位置、完整 CSV、JSON 和源原字节。
为一个蛋白选择切割规则和最大遗漏切割深度。保留每个肽的出现记录，包括不同位置的相同序列，并导出完整报告、CSV 和原件。
操作步骤
- 选择序列或单记录 FASTA、切割规则，以及整数的最大遗漏切割深度。
- 粘贴蛋白序列，或选择其 UTF-8 原文件。
- 枚举后检查源长度、切割边界和完整出现记录数。
- 复制完整 JSON 报告或下载 CSV、报告和原件；比较重复肽序列时保留它们的位置。
可调选项
- 输入格式
- 蛋白序列 · 单记录 FASTA
- 切割规则
- 作者 K/R（含 P 前切割） · Expasy 胰蛋白酶（WKP/MRP 例外）
- 最大遗漏切割次数
- 1
0–10 的整数；包含从 0 次到该上限的每个深度。
能力与限制
- 粘贴一个蛋白或选择一个 UTF-8 文件，最多 1 MiB。所选文件优先于粘贴文本；清除文件选择后才使用文本。文件名必须是非空 Unicode 标量文本，最多 512 个 UTF-8 字节，不含控制字符或 BOM。明确选择格式，扩展名不决定格式。
- 残基只能使用大写 ASCII 字母 ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY，非空序列总长最多 20,000 个残基。小写、空格、缺口、歧义残基、终止符和修饰写法均拒绝，不自动规范化。
- 序列格式只接受一个物理序列行，可带末尾 LF 或 CRLF。FASTA 只接受一条记录：首行以 > 开头，完整非空标题最多 65,536 个 UTF-8 字节，不计 >；标题不含制表符、控制字符或 BOM。标题之后允许空行，每个非空序列行只能含支持的残基。第二条记录会使整份输入拒绝。
- 允许一个开头 UTF-8 BOM，并记录其存在。原件保留 LF、CRLF 或两者混合；孤立 CR 拒绝。最多 50,000 个物理行，包括 FASTA 标题和空行。完整标题不会缩成第一个词。
- 作者 K/R 规则在每个 K 或 R 后切割，包括 P 前。Expasy 胰蛋白酶规则遵循 Pyteomics 4.7.5：通常不在 P 前切割，明确保留 WKP 和 MRP 例外。两者都保留末端边界。这些是理论规则，不预测实验中的实际酶切。
- 最大遗漏切割深度必须是 0–10 的整数。结果包含实际遗漏数从 0 到所选上限的每个连续切割片段窗口，按 end0、start0 排序；不同位置的相同肽序列分别保留。
- 残基坐标从 0 开始，包含 start0，不包含 end0。cuts0 保留所有边界，包括 0 和序列长度。分配出现记录输出前先检查完整计数，保护上限为 200,000 条。自然可接受的最大计数是 199,991；深度 10 的首次跨越为 200,002。
- 下载 peptides.csv、result-report.json 和 source-protein.txt 或 source-protein.fasta。CSV 保留每条 start0、end0、missedCleavages、sequence；报告保留完整标题、源身份、全部切割边界、全部出现记录和导出元数据；原件保持原字节。三份下载合计最多 32 MiB，拒绝时不返回部分结果。
- 屏幕最多预览 4,000 个 Unicode 码点，复制保留完整 JSON 报告。10 秒截止时间覆盖读文件、加载和 Worker 处理。取消或超时会终止尚未完成的处理，不发布迟到或部分结果。内容和文件名留在当前浏览器。