理论肽序列与出现位置
从单蛋白序列或单记录 FASTA 枚举所选遗漏切割深度内的全部理论肽,保留出现位置、完整 CSV、JSON 和源原字节。
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- 3获取结果
工具输入和文件在当前浏览器处理,不会上传。
开始之前
为一个蛋白选择切割规则和最大遗漏切割深度。保留每个肽的出现记录,包括不同位置的相同序列,并导出完整报告、CSV 和原件。
如何使用
- 选择序列或单记录 FASTA、切割规则,以及整数的最大遗漏切割深度。
- 粘贴蛋白序列,或选择其 UTF-8 原文件。
- 枚举后检查源长度、切割边界和完整出现记录数。
- 复制完整 JSON 报告或下载 CSV、报告和原件;比较重复肽序列时保留它们的位置。
支持范围与限制
粘贴一个蛋白或选择一个 UTF-8 文件,最多 1 MiB。所选文件优先于粘贴文本;清除文件选择后才使用文本。文件名必须是非空 Unicode 标量文本,最多 512 个 UTF-8 字节,不含控制字符或 BOM。明确选择格式,扩展名不决定格式。
残基只能使用大写 ASCII 字母 ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY,非空序列总长最多 20,000 个残基。小写、空格、缺口、歧义残基、终止符和修饰写法均拒绝,不自动规范化。
序列格式只接受一个物理序列行,可带末尾 LF 或 CRLF。FASTA 只接受一条记录:首行以 > 开头,完整非空标题最多 65,536 个 UTF-8 字节,不计 >;标题不含制表符、控制字符或 BOM。标题之后允许空行,每个非空序列行只能含支持的残基。第二条记录会使整份输入拒绝。
允许一个开头 UTF-8 BOM,并记录其存在。原件保留 LF、CRLF 或两者混合;孤立 CR 拒绝。最多 50,000 个物理行,包括 FASTA 标题和空行。完整标题不会缩成第一个词。
作者 K/R 规则在每个 K 或 R 后切割,包括 P 前。Expasy 胰蛋白酶规则遵循 Pyteomics 4.7.5:通常不在 P 前切割,明确保留 WKP 和 MRP 例外。两者都保留末端边界。这些是理论规则,不预测实验中的实际酶切。
最大遗漏切割深度必须是 0–10 的整数。结果包含实际遗漏数从 0 到所选上限的每个连续切割片段窗口,按 end0、start0 排序;不同位置的相同肽序列分别保留。
残基坐标从 0 开始,包含 start0,不包含 end0。cuts0 保留所有边界,包括 0 和序列长度。分配出现记录输出前先检查完整计数,保护上限为 200,000 条。自然可接受的最大计数是 199,991;深度 10 的首次跨越为 200,002。
下载 peptides.csv、result-report.json 和 source-protein.txt 或 source-protein.fasta。CSV 保留每条 start0、end0、missedCleavages、sequence;报告保留完整标题、源身份、全部切割边界、全部出现记录和导出元数据;原件保持原字节。三份下载合计最多 32 MiB,拒绝时不返回部分结果。
屏幕最多预览 4,000 个 Unicode 码点,复制保留完整 JSON 报告。10 秒截止时间覆盖读文件、加载和 Worker 处理。取消或超时会终止尚未完成的处理,不发布迟到或部分结果。内容和文件名留在当前浏览器。
操作示例
示例输入
GRGKA
示例参数
{"format":"sequence","profile":"author-KR","missedCleavages":1}示例输出
start0,end0,missedCleavages,sequence 0,2,0,GR 0,4,1,GRGK 2,4,0,GK 2,5,1,GKA 4,5,0,A
出现问题时
保留原件。按错误原因修正编码、字母表、标题、记录数或参数后重试。完整出现记录数超限时减少蛋白长度或遗漏切割深度。取消或超时后可保留同一所选文件和参数重新运行;清除文件选择后才处理粘贴文本。
常见问题
深度 1 是否只返回恰好遗漏一次的肽?
同时返回遗漏 0 次和 1 次的肽。GRGKA 在作者 K/R 规则、深度 1 下有五条出现记录:GR、GRGK、GK、GKA、A。深度 2 还包含完整的 GRGKA 窗口。
为什么相同肽序列可能出现多次?
每行代表蛋白上的一次出现。KRK 在作者 K/R 规则、深度 0 下,K 分别位于 [0,1) 和 [2,3)。删除其中一条就会丢失源位置。
为什么两种规则在 P 前的结果不同?
作者规则把 AKP 分成 AK 和 P;Expasy 保留完整 AKP,但 WKP、MRP 是仍在 P 前切割的明确例外。按分析要求选择规则,并保留报告中的规则名称。
能提交包含多个蛋白的 FASTA 吗?
不能。第二个标题会使整份输入拒绝,不会静默丢弃任何蛋白。请逐条提交。本工具不计算质量、修饰、肽产量或实际酶切概率。