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STOP 是否参与由索引决定

区分当前 CAI 索引、双重编码的最终分组以及原始 61 项旧权重。

Neatbo 编辑部更新于 约 4 分钟阅读

原始问题与固定现代方法

历史问题 #4337 的作者发现 deprecated 实现使用长度减一，计划迁移；其私有基因与参考及最终结果未知。T366 固定现代 Biopython 1.85 的 __init__/calculate，保留原始普通浮点顺序，不使用 deprecated 公式。该历史问题不能证明当前浏览器使用量或付费意愿。

已索引 STOP 与缺失字面 STOP

现代参考模式建立完整 64 项索引：已索引 STOP 参与计算。原始旧 61 项模式缺失 TAA/TAG/TGA，才按上游字面规则跳过。明确 CSV 取决于实际提供的索引，不能把所有 STOP 一律排除。

用实际索引解释参与和分母
情况固定行为结果中核对
字面 ATG/TGG所有 27 张表均排除，不因氨基酸映射改变。excluded-ATG-TGG；不增加实际分母。
已索引的字面 TAA/TAG/TGA按实际正权重参与，不统一排除 STOP。participates；权重及分母。
未索引的字面 TAA/TAG/TGA按上游字面规则跳过，保持缺失权重为 null。absent-literal-STOP；不增加分母。
其他未索引密码子整项任务失败；不会因为密码表中的 STOP 标记而猜测补权重。完整失败详情及原始位置。
没有参与密码子的基因保留整条记录；CAI/log CAI 为 null，实际分母为 0。undefined-zero-eligible；完整来源与警告。

双重编码和实际分母

在双重编码表中，按原始蛋白字母顺序计算同义组，再由最后的 STOP 组覆盖。报告保存最终分组、原始计数和平滑计数、权重、参与状态与实际分母。ATG/TGG 始终按字面排除，与选择哪张表无关。

用完整来源解释结果

可以按记录和页码访问每条基因、参考及密码子。原始来源与全部 64 行权重均完整保留。

修正完整输入或选项后重新运行。每次运行创建新的工作线程，已选文件可再次使用。

  • 比较 CAI 前先比较来源模式、密码表、阅读框、实际权重和参与分母。
  • 检查 rawCount 与 smoothedCount 分别记录的 0 和 0.5；双重编码用最后的 STOP 分组权重。
  • 把原始 ID、完整头、位置、设置和许可与分数一起保存；历史问题没有公开私有输入或最终结果。

参考资料

本分类工具使用说明

展开工具，查看操作步骤、可调选项和支持范围，再直接进入工作区。

完整密码子适应指数从完整 DNA CDS 和明确的参考或权重计算 CAI，保留全部基因状态、64 项权重、原始字节与密码子位置。

从完整 DNA CDS 和明确的参考或权重计算 CAI，保留全部基因状态、64 项权重、原始字节与密码子位置。

操作步骤

  1. 声明模式、密码表和正向阅读框，提供完整活跃来源。
  2. 运行后逐条查看基因状态、64 项权重及原始位置。
  3. 复制完整 JSON，下载全部来源、设置、CSV 和 NOTICE。

能力与限制

  • 联合限制：输入 64 MiB；基因与参考各 10,000 条；1,000 万碱基；400 万密码子；64 项明确权重；4,000 万数值工作单位。同时受表示与内存限制。
  • 所有物理文件合计 256 MiB；完整文本和复制各 256 MiB；完整转义 typed JSON 512 MiB；合计 1,280 MiB；wire 4 GiB；owned 1,536 MiB；同一个 180 秒时限。各上限并非同时可达容量证明。
  • 每个活跃角色仅允许一个完整粘贴来源或一个本地文件。无歧义 ACGT；ID 在同一角色中唯一；不裁切尾部、推断物种或补造 STOP 权重。
  • 字面移植 Biopython 1.85 CAI 方法；保留全部 27 张 DNA 表和原始 Biopython 1.81 旧权重。NOTICE.txt 包含完整双许可证。
打开完整密码子适应指数 →