DNA 定量 sequence logo
从已有对齐计算 ACGT 定量 logo，明确选择概率或信息高度、gap 规则，保留全部列测量与原始字节。
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开始之前
从已有对齐计算 ACGT 定量 logo，明确选择概率或信息高度、gap 规则，保留全部列测量与原始字节。
如何使用
- 选择每行序列或 FASTA，粘贴已有等长 DNA 对齐，或选择一个原文件。
- 选择概率或信息高度、gap 规则和 0–100 的伪计数。
- 生成 logo，核对列数、有效计数及完整列测量。
- 下载所有 SVG 页、列 CSV、报告、规范化 FASTA 和原件；复制完整报告用于复核。
支持范围与限制
粘贴对齐，或选择一个最多 10 MiB 的 UTF-8 文件。已选文件优先于文本；清除文件后才使用粘贴内容。文件名最多 512 UTF-8 字节。输入内容和文件名不上传。
选择每个非空行一条序列，或多记录 FASTA。序列中的 ASCII 空格和 tab 会移除，小写 ACGT 转为大写。FASTA 片段拼接，保留完整、非空且唯一的 header，最多 256 UTF-16 单元。接受一个开头 BOM、LF 和 CRLF；拒绝裸 CR 和无效 UTF-8。
所有序列必须已经等长，只统计 ACGT。“忽略 gap”让 - 和 . 留在原列，但不计入该列有效数量；“拒绝 gap”会拒绝这些符号。不支持 IUPAC 模糊碱基、RNA、蛋白质或构建序列对齐。
最多 10,000 条序列、3,000 列及 9,999,999 个序列×列单元，三个上限同时生效。10,000 条各 1,000 列的序列已超过单元上限。
伪计数为 0–100 的有限数，计算概率时给 A/C/G/T 各加一次；原始计数不变。信息模式固定均匀背景：R = 2 − H，高度 = 概率 × R，不做小样本校正。整列都是 gap 时，即使伪计数为正，测量值仍为 null、没有字形。
下载 report.json、columns.csv、alignment.fasta、每页 logo-NNN.svg 及 original.input。每个 SVG 最多 500 列，保留每列和所有非零字形。列号从 1 开始，规范化 FASTA 与原始字节各有用途。
完整文件加完整报告文本合计最多 56 MiB；超限时整次拒绝，不截短字段。复制保留完整 compact 报告，有限屏幕预览不能代替下载。
一个 10 秒时限覆盖源检查、读文件、加载、处理、结果校验及首次显示。取消或超时结束未完成处理，不发布部分结果或迟到结果。保留相同源和参数后可重试。
操作示例
示例输入
ACGT ACGT ACGA ACGG
示例参数
{"inputMode":"lines","mode":"information","gapPolicy":"reject","pseudocount":0}示例输出
column,base,count,effective_count,gap_count,probability,entropy_bits,information_bits,height 1,A,4,4,0,1,0,2,2 1,C,0,4,0,0,0,2,0 1,G,0,4,0,0,0,2,0 1,T,0,4,0,0,0,2,0 2,A,0,4,0,0,0,2,0 2,C,4,4,0,1,0,2,2 2,G,0,4,0,0,0,2,0 2,T,0,4,0,0,0,2,0 3,A,0,4,0,0,0,2,0 3,C,0,4,0,0,0,2,0 3,G,4,4,0,1,0,2,2 3,T,0,4,0,0,0,2,0 4,A,1,4,0,0.25,1.5,0.5,0.125 4,C,0,4,0,0,1.5,0.5,0 4,G,1,4,0,0.25,1.5,0.5,0.125 4,T,2,4,0,0.5,1.5,0.5,0.25
出现问题时
保留原对齐。修正格式、header、碱基或等长错误后重试；gap 必须显式选择忽略。超过序列、列、单元或完整结果预算时，明确缩小所分析的对齐并记录范围。取消/超时后相同源和参数可重跑；清除已选文件后才使用粘贴内容。
常见问题
概率与信息高度有何区别？
概率高度是 p，各有效列总高为 1。信息高度是 p×(2−H)，固定均匀 DNA 背景；均匀四碱基列的信息总高为 0。
忽略 gap 会删掉列吗？
不会。- 和 . 保留原列位置，仅不计入该列有效计数。全 gap 列仍保留在报告/CSV 中，测量值为 null，SVG 不绘字形。
伪计数会改变原始计数吗？
不会。每个碱基各加 a 来求 (count+a)/(effectiveCount+4a)，原始计数保持不变。默认 a=0，不做小样本校正。
为何图与教材示意图不同？
应以输入计数和已声明模型核对。原需求所引用的教材图有勘误；本工具不从图反推数据，也不证明生物功能。