多locus序列矩阵构建
按精确taxon ID拼接已对齐DNA FASTA loci，导出完整FASTA/NEXUS supermatrix、locus分区、存在状态与原件。
- 1添加输入
- 2调整设置
- 3获取结果
工具输入和文件在当前浏览器处理，不会上传。
开始之前
选择有序的已对齐loci；并集明确填充缺失taxon，交集仅保留共有taxon。拼接已有alignment并生成charset。
如何使用
- 按需要的顺序选择loci，每份文件须已包含alignment。
- 选择并集/交集和缺失locus字符，检查taxon、列数、填充单元及存在状态行。
- 下载完整concatenated.fasta、concatenated.nex、presence.csv、report.json和全部原件。
支持范围与限制
最多20文件、总输入10MiB、输出5,000 taxon、500,000总列、10,000,000矩阵单元、100,000来源记录和300,000物理行；每行≤65,536字节、header≤4,096字节。完整派生文件与原件总计≤48MiB。
预算同时适用：5,000 taxon ×500,000列超过1,000万单元守卫。来源记录上限受20 loci ×5,000唯一来源taxon约束，不是独立可支持的100,001记录边界。
支持UTF-8可选BOM、LF/CRLF、DNA IUPAC字符及?/-。每locus内序列必须等长，ID为大小写敏感的header首token，并在该locus内唯一。完整header、来源跨度、大小写及原件字节保留。
RNA/protein、注释和序列内部空格为Unsupported。不执行aligner、物种名模糊匹配或系统发育推断。输出taxon按来源文件/记录首次出现排序，文件顺序定义locus列顺序。
NEXUS导出DNA矩阵与固定locus_ordinal charset，JSON保留完整原文件标签。每个taxon/locus的存在或填充状态均在presence.csv/report.json。公式状CSV taxon标签受保护并加前置单引号，JSON保留未改标签。
表格仅预览前200行，长单元格截取前2,000个UTF-16单位；报告超过20,000单位时复制为精简预览。完整JSON、CSV及原件下载保留全部内容。输出总预算统一计算，超限时不交付部分文件。
操作示例
示例输入
locus A: 44 bytes; locus B: 26 bytes
示例参数
{"params":{"missing":"?","taxaMode":"union"}}示例输出
{"schemaVersion":1,"profile":"aligned-DNA-FASTA-first-token-identifiers","taxaMode":"union","missing":"?","order":"first occurrence across selected file order and source record order","taxa":["a","b","c"],"columns":7,"matrixCells":21,"missingCells":7,"inputFiles":2,"inputBytes":70,"sourceRecords":4,"physicalLines":8,"partitions":[{"ordinal":1,"name":"locus A","nexusName":"locus_1","start":1,"end":4,"length":4},{"ordinal":2,"name":"locus B","nexusName":"locus_2","start":5,"end":7,"length":3}],"loci":[{"ordinal":1,"name":"locus A","length":4,"records":[{"id":"a","title":"a preserved title","headerLine":1,"headerSpan":[0,18],"sequenceSpans":[[19,23]],"residueCount":4},{"id":"b","title":"b description","headerLine":3,"headerSpan":[24,38],"sequenceSpans":[[39,43]],"residueCount":4}]},{"ordinal":2,"name":"locus B","length":3,"records":[{"id":"b","title":"b desc2","headerLine":1,"headerSpan":[0,8],"sequenceSpans":[[9,12]],"residueCount":3},{"id":"c","title":"c title","headerLine":3,"headerSpan":[13,21],"sequenceSpans":[[22,25]],"residueCount":3}]}],"presence":[[true,false],[true,true],[false,true]],"taxonDisposition":[{"id":"a","inOutput":true},{"id":"b","inOutput":true},{"id":"c","inOutput":true}],"normalization":"Residue case preserved; input line endings/header descriptions retained in original files. Missing loci use the explicit chosen symbol."}出现问题时
核对所选profile与原件，修正输入或减少完整输入/输出规模。取消和错误不会发布部分文件；可用相同受支持原件重新运行。
常见问题
会对齐序列吗？
不会，按大小写敏感的首token ID拼接已有等长locus alignment。
缺失locus会被静默删除吗？
不会，并集以所选字符填充并记录状态；交集明确仅保留全部loci共有taxon。